一、商標使用許可問題
不得以商標注冊人未將商標使用許可合同報商標局備案為由而否定其許可合同的效力（許可合同中明確約定備案為合同生效條件的除外）；商標被許可人違反許可合同約定，超出被許可使用商品或服務的范圍、期限或數(shù)量的行為且構成商標侵權的，工商行政管理機關可以應許可人的請求依法查處，也可以依職權主動查處；商標獨占使用許可的被許可人在許可合同有效期內(nèi)可以作為商標權利人以自己的名義向工商行政管理部門投訴，但以其自己的名義出具的商標侵權證明不具有法律效力。
二、舉證責任問題
根據(jù)《行政訴訟法》第三十二條和第四十三條的規(guī)定，被告對作出具體行政行為負有舉證責任。國家工商總局《關于商標侵權案件調(diào)查取證有關問題的批復》（商標案字[2005]第223號）所稱“涉嫌侵權人無正當理由無法提供經(jīng)商標注冊人許可證據(jù)或取得該證據(jù)的線索，即可以認定其未經(jīng)商標注冊人許可的事實無需商標注冊人提供未予許可的證明”僅指查處違反《商標法》第五十二條第（一）規(guī)定“未經(jīng)商標注冊人的許可，在同一種商品或者類似商品上使用與其注冊商標相同或者近似的商標”侵權行為，不得擅自將該調(diào)查取證方式擴大到查處其它商標侵權行為。
三、證據(jù)來源問題
采用涉外商標侵權定案證據(jù)應當遵循《最高人民法院關于行政訴訟證據(jù)若干問題的規(guī)定》（法釋[2002]21號）第十六條的規(guī)定，當事人向工商行政管理機關提供的在我國領域外形成的證據(jù)，應當說明來源，經(jīng)所在國公證機關證明，并經(jīng)我國駐該國使領館認證，或者履行我國與證據(jù)所在國訂立的有關條約中規(guī)定的證明手續(xù)。當事人提供的在我國香港、澳門和臺灣地區(qū)內(nèi)形成的證據(jù)，應當具有按照有關規(guī)定辦理的證明手續(xù)。
四、取證方向問題
反映在定牌加工或其它合作經(jīng)營方式中的商標使用許可行為難免會產(chǎn)生因合作關系破裂，商標注冊人單方面撕毀合同而挾怨報復出具未予許可的偽證問題。對此，工商行政管理機關查處商標侵權行為時，應本著有利于當事人的原則，一方面應根據(jù)舉證責任規(guī)定，依法取得商標注冊人未予許可的證明（如前所述，當事人涉嫌侵犯《商標法》第五十二條第（一）規(guī)定所指商標侵權行為，無正當理由無法提供經(jīng)商標注冊人許可證據(jù)或取得該證據(jù)的線索，無需商標注冊人提供未予許可的證明），另一方面也應當主動收集對當事人有利的反證，即足以推翻商標注冊人未予許可的證據(jù)。當然，商標注冊人與當事人對工商行政管理機關依法取得的單一侵權定案證據(jù)表示認可的，工商行政管理機關可以對該定案依據(jù)直接予以認定，不必另外求證。
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