申請人可以通過電子提交、面交、郵寄或傳真四種方式向歐洲專利局或成員國的主管當(dāng)局提交歐洲專利申請。但是，分案申請必須直接提交到歐洲專利局。以電子提交或者郵寄、傳真等方式提交的，申請日為歐洲專利局的收到日。面交或者交至歐洲專利局的自動郵筒的，提交當(dāng)日即為申請日。該規(guī)則同樣適用于成員國的主管當(dāng)局。
接收申請的主管當(dāng)局會盡快將請求書1001表第8頁作為回執(zhí)發(fā)送給申請人，在該頁記錄申請文件的收到日和申請?zhí)?。如果一份申請是提交至國家主管?dāng)局再轉(zhuǎn)發(fā)給歐洲專利局的，歐洲專利局將據(jù)此再次發(fā)送給申請人一份簽收文件，上面載有歐洲專利局簽收時間（請求書1001表第8頁）。申請人收到此文件后，后續(xù)所有的文件都應(yīng)該直接向歐洲專利局提交。
成員國對于明顯不涉密的申請，在收到申請后6周內(nèi)傳達歐洲專利局。對于需要進一步審查是否涉密的申請，該期限延長至收到申請后4個月，或者優(yōu)先權(quán)日起14個月（要求優(yōu)先權(quán)情形）。
提交申請時請求書1001表中默認(rèn)指定全部38個成員國。在單獨指定的情況下，瑞士和列支敦士登必須被同時指定。申請還可延伸至延伸國波黑和黑山。盡管提交申請時默認(rèn)指定所有成員國，然而后續(xù)需要繳納一筆指定費來確認(rèn)指定，指定費目前是580歐元，應(yīng)在歐洲檢索報告公布6個月內(nèi)繳納，指定覆蓋所有成員國，除非特別撤回對某成語國的指定。延伸也是申請時默認(rèn)，需后續(xù)對每個延伸國繳納延伸費來確認(rèn)延伸。
歐洲專利從提交申請到授權(quán)大概需要3-5年。在特定情形下，歐洲專利局將基于歐洲專利申請加快程序的規(guī)則盡力減少正常的處理時間。
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