辦理計算機軟件著作權登記的流程如下：填寫申請表→提交申請文件→繳納申請費→登記機構受理申請→補正申請文件（非必須程序）→取得登記證書。
計算機軟件著作權登記申請文件應當包括：軟件著作權登記申請表、軟件的鑒別材料、申請人身份證明、聯系人身份證明和相關的證明文件各一式一份。另外，在登記大廳現場辦理的，還需出示辦理人身份證明原件。
其中，軟件的鑒別材料（包括程序和文檔）有兩種交存方式：（一）一般交存：源程序和文檔應提交前、后各連續(xù)30頁，不足60頁的，應當全部提交；（二）例外交存：可以按照《計算機軟件著作權登記辦法》第十二條規(guī)定的方式之一提交軟件的鑒別材料。具體提交方式如下：1.源程序的前、后各連續(xù)的30頁，其中的機密部分用黑色寬斜線覆蓋，但覆蓋部分不得超過交存源程序的50%；2.源程序連續(xù)的前10頁，加上源程序的任何部分的連續(xù)的50頁；3.目標程序的前、后各連續(xù)的30頁，加上源程序的任何部分的連續(xù)的20頁。文檔作例外交存的，可參照上述方式處理。
值得注意的是，如果申請人在源程序和文檔頁眉上標注了所申請軟件的名稱和版本號，應當與申請表中相應內容完全一致，右上角應標注頁碼，源程序每頁不少于50行，最后一頁應是程序的結束頁，文檔每頁不少于30行，有圖除外。
申請人進行計算機軟件著作權登記的主要證明文件包括：（一）自然人、法人或者其他組織的身份證明；（二）有著作權歸屬書面合同或者項目任務書的，應當提交合同或者項目任務書；（三）經原軟件著作權人許可，在原有軟件上開發(fā)的軟件，應當提交原著作權人的許可證明；（四）權利繼承人、受讓人或者承受人，提交權利繼承、受讓或者承受的證明。
申請人應當在收到繳納申請費通知書起15 個工作日內繳納申請費，逾期未交費的，視為撤回申請。根據《計算機軟件著作權登記收費標準》，計算機軟件著作權登記費為200元/件次。該項目費用只限于程序及其一種文檔的登記，如申請登記多種文檔，每增加一種文檔，增收80元。 例外交存手續(xù)費320元/件次。
根據《計算機軟件登記辦法規(guī)定》，申請文件存在缺陷的，申請人或代理人應自發(fā)出補正通知之日起30個工作日內提交補正材料，逾期未補正的，視為撤回申請；經補正仍不符合《計算機軟件著作權登記辦法》第二十一條有關規(guī)定的，中國版權保護中心將不予登記并書面通知申請人或代理人。
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